一、办公室职责
协助局领导处理日常工作，综合协调机关政务工作，负责会议组织，综合材料起草和机关文秘档案、督查、保密、信息、信访、综合治理、综合调研，负责机关规章制度建立和督查；负责和联系对外交流合作、对口支援、新闻宣传等工作。负责局机关和直属卫生单位党务工作的综合、协调、督查、宣传等项工作；统筹规划与协调全区卫生资源配置，拟定财务管理规章，协调各项卫生经费的利用，负责卫生单位的财务审计和指导卫生单位财务工作，管理机关财务；负责机关车辆管理，公务往来的接待等项工作。
研究制定全区卫生人才发展规划并组织实施；负责全区卫生人员的宏观管理和卫生专业技术资格考评、认定及聘任工作；负责局机关及直属单位人事、劳动工资、机构编制、考核、奖惩、任免；大中专毕业生分配、复员转业军人的安置，干部、专业技术人员、工人的录用与调配等；负责离退休干部管理。
二、爱卫办职责
研究制订全区爱国卫生工作的规划、计划、措施、方法，并协调有关部门组织实施，负责全区健康教育和组织全区城乡社会性公共卫生的监督检查和管理工作，承担区爱卫会的日常工作。
三、医政股职责
研究指导医疗机构改革，拟定医疗机构的发展规划、管理办法和服务标准；拟定医护等专业技术人员职业标准、医疗质量标准、服务规范，并监督实施；监督医疗机构质量和服务质量；维护医疗秩序。依法监督管理血库采供血及临床用血质量，组织重大人员伤亡事件的紧急救护工作。
研究拟定全区重点医学科技发展规划，确定卫生科技优先发展领域；制定基础研究、应用研究的政策和措施；组织协调重点医药领域科研攻关，指导医学科技成果的推广、普及、应用工作；拟定医学教育发展规划和指导实施，指导全区医学专业教育工作。组织协调与区外组织医学领域的交流与合作，组织全区医药卫生团体工作。
四、疾病控制股职责
研究拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施。组织对重大传染病、地方病的综合防治、发布检疫传染病和检测传染病情况，组织调度全区卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延。
研究拟定农村卫生服务的发展规划和服务标准，指导和落实初级卫生保健规划，研究城市基层卫生服务体系的改革和建设项目，制定并指导实施妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准，监督母婴保健专项技术的实施。
五、卫生执法与监督股职责
贯彻国家及自治区有关卫生方面的法律、法规规章及规范性技术标准，并监督执行；负责卫生法制建设，卫生执法监督和卫生行政复议工作；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校等行业卫生，依法组织制定全区食品、化妆品质量管理规范及负责认证工作。
六、健教所职责
为实现“人人享有初级卫生保健”的目标，对全区境内的人民群众进行广泛深入的宣传教育工作。本着“预防为主，健教先行”的原则开展各种健教宣传。
负责辖区内各机关、厂矿、学校等单位的健康教育指导和协调工作。
负责组织、检查、验收和开展评比工作。
七、地病办职责
认真贯彻执行党中央的方针、政策、上级党委和防治地方病领导小组的指示，及时请示报告工作，反映情况，提出建议。
负责起草地方病防治规划、计划、总结和其他文件，做好防治地方病领导小组召开的会议的准备工作。
组织检查防治、科研规划、计划的落实，掌握工作进展情况。
调查研究防治、科研中政策性的问题，组织有关部门起草防治地方病方面规定、管理办法。
加强与有关部门的联系，研究解决防治工作中的问题。
汇总、整理地方病的有关资料，抓好防治地方病的宣传教育工作。
会同有关部门了解、掌握防治经费、物资、药械、交通工具等使用情况，防止浪费和挪用。
八、初保办职责
负责组织领导全区的初保工作，协调全区各部门积极参与初保工作，通过行政干预的技术指导形式，领导全区卫生保健工作。
向全区各级党委政府和广大群众做好初保内容宣传教育，让初级卫生保健渗透到各个部门、每个家庭、每个居民。
深入了解本区居民卫生与保健的主要问题，了解医疗卫生保健的需要，制定出实施初保的长远规划、阶段性规划和年度计划。实行目标管理，把初保计划纳入当地经济和社会发展规划，纳入全区精神文明建设，纳入文明乡（镇）、村建设规划，并将规划交付政府讨论，经批准后具体组织实施。
做好区政府对全年卫生投资的预算建议及争取确定合理比例，多渠道解决资金不足的困难。
坚持从实际出发，充分发挥全区群众团体、社会团体和农村卫生所的作用，使之成为全区开展PHC工作的得力助手。
定期向区初级卫生保健工作领导小组或上级有关部门汇报工作计划完成情况、存在问题和今后意见，同时负责领导全区PHC工作的评价。总结具有本地特有的、能够推广普及的典型经验，以便更好地指导。